科技平臺和試驗基地是開展科技創新、成果轉化和交流合作等活動的重要場所和必要條件。研究所按照“頂層設計、長遠規劃、強化優勢、補齊短板、優化管理”的思路，加強平臺條件建設投入，扎實推進實驗室、重大設施、技術支撐平臺、資源開放共享平臺、試驗基地等科技條件體系建設，為推動學科發展、提升自主創新能力、保障各項科研活動順利開展提供了重要的條件支撐。

生物所現有13各類各級研究平臺，包括1個國家重大科學工程（共建），3個部級重點實驗室，1個部級監督檢驗測試中心，1個北京市重點實驗室（共建），1個北京市中關村開放實驗室、3個院級研究平臺。此外，還組建了農業生物技術公共平臺中心、農作物表型組重大設施等技術支撐平臺；創建水稻和玉米EMS突變體庫、水稻新型RNAi突變體庫、玉米栽培種質資源庫、水稻表觀智能數據庫等資源開放共享平臺。建成2個綜合性和7個專業試驗基地，滿足了南繁北育和區域特色生物育種需求。

在國際合作平臺方面，生物所與國際水稻研究所、巴西農牧業研究院、巴基斯坦木爾坦穆罕默德·納瓦茲·謝里夫(MNS)農業大學等國際科研機構，建立了光合作用提升與C4水稻創制、棉花生物技術等4個聯合實驗室，為開展國際合作科研創新與交流提供了平臺支撐。